Одним из сильнодействующих лечебных средств курорта являются минеральные грязи. Грязелечебница «Мойнаки» считается сердцем курорта.В водогрязелечебнице были оборудованы врачебные кабинеты, химическая, биотелеметрическая и радоновая лаборатории. Кроме грязевых ванн, больные смогли получать ванны рапные, радоновые, сероводородные, углекислые, субаквальные, термальные, жемчужные, йодобромные, углекисло-сероводородные, газогрязевые. А также гидромассаж и пневмогидромассаж, индуктотермогальваногрязелечение.

В 1959 г. на территории грязелечебницы гидрогеологи бурили скважину, с глубины 960 метров хлынула горячая вода с температурой 39°. Это была минеральная вода, получившая позже название «Мойнаки». Химический анализ показал, что мойнакская минеральная относится к хлоридно-натриевым слабощелочной реакции со средней минерализацией.

Украина
Было запущенно грязевое хозяйство, заброшены грязевые бассейны и узкоколейная дорога. Грязь стали привозить из Сакского озера. Собственник «Укрпрофздравница» собирается продать грязелечебницу. Мэр Евпатории добивается передачи грязелечебницы или в коммунальную, или в государственную, или в республиканскую собственность чтобы сохранить специализацию этого уникального объекта.

В 2011 году лечебница прекратила свое существование. Несмотря на протесты общественности, мэр Евпатории Анатолий Даниленко протащил проект застройки берегов озера Мойнаки, что по мнению экологов убьет озеро.

Лечение

Грязелечение:
Болезни опорно-двигательного аппарата; ревматизм (не ранее, чем через 6—7 месяцев после острой атаки); хронический ревматоидный полиартрит; инфекционные и неспецифические полиартриты; дистрофические (неинфекционные) полиартриты; остаточные явления после травм суставов; остеомиелиты; заболевания мочеполовой системы у мужчин; заболевания женских половых органов, в том числе хронические воспалительные процессы и бесплодие; спастические запоры; хронические гепатохолециститы; спаечные процессы. Многие заболевания и последствия травм периферической нервной системы, особенно: радикулиты, плекситы, полиневриты, невриты — инфекционные, ревматические, на почве отравлений; последствия полиомиелита у детей.

Солнцегрязевые процедуры и купания в лимане показаны:
При многих формах заболеваний суставов, мышц, сухожилий; воспалительных, функциональных и травматических заболеваниях периферической и центральной нервной системы; при заболеваниях органов брюшной полости, болезнях лимфатических желез, колеи, воспалительных процессах в придаточных полостях носа и др.

Минеральная вода:

Минеральную воду «Мойнаки» используют при лечении желудочно-кишечных заболеваний (хронический гастрит, язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки, хронический колит), хронических заболеваний печени, желчных путей и других заболеваний. Используется в виде ванн, душа, бассейна с минеральной водой. Улучшает деятельность сердца и кровеносных сосудов, нормализует общее состояние организма, прежде всего, нервной системы. Положительно действует она на все органы пищеварения, улучшает секреторную, моторную и всасывательную функции желудка и кишечника. Вовнутрь употребляется при хронических гастритах, гастродуоденитах, при функциональных расстройствах двигательной и секреторной функций кишечника (атонические и спастические запоры), хронических колитах, хронических заболеваниях печени и желчных путей и др.

Применяется в виде ванн и для подводного массажа при лечении (в комплексе с другими методами) заболеваний опорно-двигательного аппарата. Используют ее для промывания желудка, общих ванн, подводных промываний толстого кишечника и кишечных орошений. Общие и местные ванны с термальной водой положительно сказываются при лечении заболеваний опорно-двигательного аппарата, артритах и полиартритах, нейромиозитах, заболеваниях периферической нервной системы и многих других.